Beyin yapısındaki değişikliklerin rolü Tomografi gibi görüntüleme yöntemlerinde şizofreni hastalarının beyinlerinde normalde görülmeyen bazı değişiklikler olduğu saptanmaktadır. Örneğin beyinde normalde de bulunun boşlukların hasta kişilerde daha geniş olduğu ve bazı beyin bölümlerinin normalden daha küçük olduğu görülüyor. Özellikle, beynin plan yapmak ,sorun çözmek gibi işlevleri de yüklenen ön bölümü ve önceki deneyimleri hatırlayarak o anki duruma uygun bir davranış geliştirmekte rol oynayan hipokampus bölümünün normalden küçük olduğu saptanmıştır. Bu bölgelerin işlevlerindeki aksama sonucunda hastalar günlük hayatta her an karşılaştığımız basit ya da karmaşık sorunları çözmekte zorlanabiliyor. Bu « sorun »lar örneğin yeni tanıştığımız bir kişiyle neleri konuşabileceğimiz, şehir içinde bir yerden bir yere giderken karşılaştığımız aksaklıkların üstesinden nasıl geleceğimiz gibi bize basit gelen şeyler de olabilir.Beyin yapısındaki değişiklikler hasta kişilerin beyinlerinin normal gelişimden farklı bir yol izlediği şeklinde yorumlanır.Bu değişiklikler doğumdan önce ya da doğum sırasında etkili olan nedenlere bağlanır. Örneğin gebeliğin erken dönemlerinde virüs enfeksiyonları ya da doğum sırasındaki bazı sorunlar gibi.