Proteinler

[Jaqen]

KONU: PROTEİNLER:

Proteinlerin Yapısı ;
Proteinler fiziksel yapıları itibariyle iki ana gruba ayrılırlar.

Birinci grup fibröz proteinlerdir.Bu proteinler özellikle deri, tendon (kasları kemiğe bağlayan sert doku) ve kemik dokularda bulunur.Fibröz protein suda çözünmemekle birlikte fiziksel olarak oldukça dayanıklı bir yapıya sahiptir.

İkinci grup ise Globular proteinlerdir.Globular proteinlerde fibröz proteinin aksine suda çözünebilirler ve fiziksel olarak dayanıklı değillerdir.Globular proteinler ekseri olarak Enzim yapısındadırlar.Enzimler ise hücre içerisindeki sitoplazmada kimyasal reaksiyonarı katalize ederler.

Bunun yanı sıra proteinler 3 boyutlu yapıları itibariyle dört farklı konfigürasyon da bulunurlar.
Bu konfigürasyonlar sırasıyla ;

• Primer
• Segonder
• Tersiyer
• Kuaterner yapılarıdır.

1-) Primer yapı :
Bir proteinin primer yapısı yanlızca amino asit moleküllerinin yan yana gelip zincir oluşturmalarından ibarettir.

Polpeptid zinciri ise yanlızca amino asit moleküllerinin yan yana dizilmesinden oluşmaktadır.Yapıda amino asitten amino asite bu molekül grubu değişmektedir.
Mesela İyodotronin amino asitinde metil grubunun yerini iyotlu bir bileşik alır.

2-) Sekonder yapı :
Segonder yapı, primer yapıdan sonra gelen biraz daha kompleks bir yapıdır.Bu yapı tıpkı DNA zinciri gibi heliks dönümleri yapar ki bu şeklinede Alfa - heliks adı verilir.

Alfa - heliks kıvrılmasının ilk aşamasında zincir bükülmeye başlar ve karbonil grubu ile amino grubu arasında bağ oluşmaya başlar.
Bu bağ fiziksel olarak kuvvetli bir bağ değildir ve dışarıdan verilen ısı veya fiziksel bir hareket ile koparılabilir.Kopmanın etkisiyle zincir yine eski düz halini almaya başlar.

Heliks yapısındaki bir zincirin enerji verilerek düz zincir haline gelmesi olayına Denatürasyon denir.Isı veya kimyasal etkiler ortadan kaldırılınca düz zincirin tekrar heliks yapısını kazanması olayına ise Renatürasyon denir.
Fakat proteinler yapılarının bozulması için verilen ısıya belli bir dereceye kadar tolerans gösterebilir.Yaklaşık 60 derecenin üstünde bir sıcaklık uygulanırsa protein denatüre olduktan sonra tekrar renatüre olamaz.
Zincir yukarıdaki şekilde gösterildiği gibi kıvrılmaya başladıktan sonra yandaki gibi heliks halini almaya başlar.
Proteinlerin önce düz zincir halinde oluşmaları ve daha sonra heliks yapısını kazanmaları tamamen enzimatik kontrol altındadır.Eğer üretilecek protein bir enzim olacaksa, enzimden enzim üretme gibi bir durum ortaya çıkmaktadır.

Proteinler ayrı ayrı konfigürasyonlara sahip olabildiği gibi her iki konfigürasyona sahip proteinlerde vardır.Örneğin bazı proteinlerin % 70 i Segonder Alfa - heliks yapısından, geri kalan % 30 nu ise segonder ß - tabakasından meydana gelebilir.

3-) Tersiyer yapı :
Segonder yapıyı takip eden bu konfigürasyonda proteinin yapısı dahada kompleks bir hal almaya başlar.Tersiyer yapı ise, amino asitlerin yan zincirleri arasında meydana gelen bağlar ile şeklini kazanmaya başlar.

Tersiyer yapı segonder yapının kıvrılmış halidir.Segonder yapı içerisinde heliks düzeni ve beta düzeninin her ikiside bulunabilir.Hatta bunlara ilave olarak bazı bölgeler, primer ve Kangal adı verilen daha değişik konfigürasyonlara sahip olabilir.
Protein zincirinin yan molekülleri arasındaki bağlar ise iyonik, disülfit, ve hidrofobik (su sevmeyen) bağları olabilir.
Proteinlerin yıkımı :
Polipeptid zincirleri çok uzun olup yıkılmaları yine enzimler vasıtasıyla olur.Peptid bağlarını kıran enzim ise
Peptidaz enzimidir.
Proteinlerin ayrılma işlemine ise Hidroliz denir.Protein zincirleri Tam hidroliz yada Tam olmayan hidroliz yoluyla parçalanırlar.Tam hidroliz işlemiyle proteinler, kendilerini meydana getiren amino asitlere kadar ayrılırlar.Fakat tam olmayan hidroliz işlemiyle proteinler belirli uzunluklarda kesilirler.

Mesela, 8 amino asitlik bir polipeptid zinciri, tam olmayan hidrolizle yıkıma uğratılarak biri 3 amino asitten, diğeri 8 amino asitten oluşan iki ayrı zincire ayrılmıştır.
Proteinlerin parçalanması ve sindirilmesi ise mide de gerçekleşir.Midede çalışan enzimler, mide çeperindeki özelleşmiş salgılama hücreleri pepsin adı verilen asit tabiatlı bir sıvı salgılar ki bu sıvı proteinlerin parçalanması ve sindirilmesini gerçekleştirir.
Mide bu derece güçlü asidik bir sıvıya yataklık yapmasına rağmen zarar görmez çünki mideye zarar gelmemesi için mükemmel bir şekilde önlem alınmıştır.Yine mide çeperlerinde bulunan özelleşmiş salgı hücreleri, mukus adı verilen bir tür sıvı salgılarlar.Bu sıvı asitli ortam ile mide arasında bir kalkan gibi ödev görerek mideyi korur.