Rönesans sırasında, İspanyol düşüncesine, hem Hümanizm’eıhem de doğal felsefeye tepkiyi ifade eden karşı-reform hareketi damgasını vurmuştu. Suarez, bu dönemde yeniden canlanan Skolastik düşünceyi toparlayan ve kilisenin felsefesini açık ve kesin bir biçimde yeniden oluşturan çalışmalarıyla, Aquino’lu Thomas’tan sonra Skolastik felsefenin en önemli temsilcisi olarak kabul edilmektedir. 28 cilt tutan kitapları içinde en önemlisi olan Disputationes Metaphysicae (“Metafizik Tartışmalar”), Avrupa’nın birçok Protestan ve Katolik üniversitesinde, yüzyılı aşan bir süre ders kitabı olarak okutuldu. Suarez’in metafiziği, esas olarak Aristoteles ve Aquino’lu Thomas geleneği içinde kalmakla birlikte, belirli konularda bu gelenekten ayrılarak özgün bir nitelik kazandı.Suarez’ in ayrıldığı en önemli nokta, metafiziği tanrıbilimden net bir biçimde ayırmasıdır. Felsefenin, yalnızca tanrıbilimi doğrulama ve tamamlama gibi bir işlevi olabileceğini savunan Thomas’ın tersine, Suarez, tanrıbilimin bağımsız bir metafizik temele gereksinimi olduğunu ileri sürdü. O zamana değin yapıldığı gibi Aristoteles’i yorumlamak yerine, metafiziği sistematik bir disiplin durumuna getirmeyi amaçladı. Varlığı önce genel olarak, sonra neden olarak ve en sonunda da sonlu, sonsuz, töz, ilinek gibi nitelik ya da kategorileriyle ele aldı. Metafiziği varlık- sıfatıyla varlık olarak tanımlayan Suarez’e göre, gerçek Varlık, özdeksel, özdeksiz, tözsel ya da ilineksel olabilir. Varlık kavramı ise, gerçek varlığın çeşitli biçimlerinin bilgisinden türetilir ve tek anlamlı değil benzeşimseldir. Suarez’e göre metafizikçi asıl olarak, özdeksiz varlık ile ilgilidir. Suarez, öncelleri gibi öz ve varoluşun Tanrı’da bir olduğunu savunmakla birlikte, Thomas’ın, sonlu varlıklarda, öz ve varoluşun gerçekte farklı olduğu biçimindeki düşüncesine, yaratılmış varlığın doğasında olumsallık olduğunu ve bu nedenle gerçek farklılık eklemenin gereksiz olduğunu ileri sürerek karşı çıktı. Varoluşun tersine,özü vurgulaması nedeniyle, Suarez’ in metafiziği özselci (essentialistic) olarak tanımlanmıştır. Suarez, Tanrı’nın varoluşu ile ilgili olarak fiziksel değil metafizik bir tanıt gerekli olduğunu ileri sürerek, Aristoteles’in “devinen her şey bir başkası tarafından devindirilir” ilkesinin yerine,“üretilen her şey bir başkası tarafından üretilir” metafizik ilkesini ikame eder. Bu ilkeden yola çıkarak, başlangıçta üretilmemiş ya da yaratılmamış bir varlık olması gerektiğini ve böyle bir varlığın tek olduğunu savunur. Bu varlığın doğası, kusursuzluğu, bilgeliği, sonsuzluğu gibi tanımlamalarında Thomas’ı izler.